Термин образован от греческой приставки ‘hypo-’ (под, меньше, ниже) и названия химического соединения ‘xanthine’ (ксантин, от греч. ‘xanthos’ — желтый), поскольку молекула гипоксантина содержит на один атом кислорода меньше, чем молекула ксантина. Само вещество было впервые выделено в 1850 году немецким химиком Иоганном Йозефом Шерером, что исторически прочно связывает появление этого термина с научным контекстом Германии XIX века, бывшей в то время главным европейским центром развития физиологической химии.
