Слово происходит от древнегреческого ἀμυγδαλή (amygdalē) — ‘миндаль’, с добавлением химического суффикса -in. Вещество было впервые выделено французскими химиками в 1830 году из ядер горького миндаля. Позднее, в 1970-х годах, амигдалин получил скандальную известность в США и Мексике под коммерческим названием ‘лаэтрил’ (или ‘витамин B17’), где он незаконно продвигалось как альтернативное лекарство от рака, пока не был строго ограничен медицинскими регуляторами из-за неэффективности и высокого риска отравления цианидами.