Термин был введен в 1955 году бельгийским цитологом Кристианом де Дювом. Он образован от греческих слов ‘lysis’ (растворение, распад) и ‘soma’ (тело), что прямо указывает на функцию этой органеллы по расщеплению веществ. Благодаря единой международной биологической номенклатуре, слово было заимствовано во многие языки, включая русский (в виде прямой адаптации ‘лизосома’), сохранив свое изначальное научное значение в глобальном академическом контексте.