Слово происходит от средневекового латинского trepanatio, образованного от trepanum (хирургический инструмент), которое восходит к древнегреческому trypanon (бурав, сверло). Практика трепанации имеет древнейшие корни и независимо возникала во множестве культур по всему миру, включая доколумбову Мезоамерику, Древний Египет, Древнюю Грецию и неолитическую Европу. Исторически эта процедура сверления или проскабливания черепа применялась как в медицинских целях (для лечения травм головы и снижения внутричерепного давления), так и в мистических или религиозных ритуалах, например, для изгнания злых духов.
